VPS sunucuların kullanımı kullanış yerine göre değişir. VPS sistemine göre kullanım şekilleride değişir. Örneğin misal Linux sunucular üzerinde cPanel , Plesk, Direct Admin, LxAdmin kontrol panelleri kurulur. Bunlar arasında en geçerli ve en iyisi kabul edilen cPanel’dir. Lisanslı bir kontrol paneli olan bu CPanel , gerek modüller için olsun gerekse eklentiler için olsun en ideal paneldir. Apache derlemesi sayesinde bir çok modülü çok basit şekilde yükleyebilirsiniz. Bunun dışında bir çok eklenti Cpanel’e en uygun şekilde çalışmaktadır.
Plesk panel ise Parallels tarafından yapılmıştır. Bu panelin hem Windows sürümü hemde Linux sürümü bulunmaktadır. Tercihen Windows VPS ‘de kullanılan bu panel Mysql ve Mssql serverleri desteklemektedirler. directadmin Windows ‘ta şu an için sadece Windows Plesk panel kullanılabilmekte. Buda Windows sunucularda tek tercih olarak plesk paneli bırakmaktadır. Windows Server ‘ler üzerindeki performası Linux sunucular üzerinde gösterememektedir.
Direct Admin panel ise Kanada lokasyonlu bir üretici firmaya aittir. Son dönemlerde Direct Admin Linux lxadminsunucularda tercih edilmektedir. Lisans ücreti diğer panellere nazaran daha uygun olması kendisine bir artıdır. Bunun dışında sade görünümü kullanımı sayesinde kullanımı kolaydır. Bir çok dil paketi içerisinde olmasıda kullanısını ayrı bir güzellik sağlamaktadır.
LxAdmin ise sade bir panel olup ücretsizdir. Ülkemizde ve dünya genelinde pek tercih edilmeyen bu kontrol paneli vps sunucular üzerinde istenilen ve beklenilen performası verememektedir.